Untuk menjalankan Greenfoot, terlebih dahulu harus sudah menginstall Java 5(JDK) versi 1.5 atau yang terbaru. Terdapat 3 versi yang tersedia, yaitu untuk Windows, untuk MacOS X, dan untuk sistem operasi yang lain.
Langkah pertama adalah mengunduh software aplikasi greenfoot terlebih dahulu yang bisa diunduh melalui website resminya, yaitu www.greenfoot.org
Instalasi pada Sistem Operasi Windows
Untuk sistem Microsoft Windows, unduh aplikasi instalasi versi Windows. Klik dua kali pada aplikasi dan ikuti petunjuk instalasi. Proses instalasi sama seperti menginstal aplikasi lainnya.
Instalasi pada MacOS X
Untuk sistem Mac OS X, unduh aplikasi instalasi untuk versi Mac OS. Berkas yang diunduh akan berbentuk zip, Safari mungkin akan mengekstraksi berkas tersebut secara otomatis. Jika tidak, klik dua kali pada berkas yang telah diunduh untuk mengekstraknya.
Setelah mengekstraksi, akan terdapat folder aplikasi Greenfoot dan contoh skenario. Folder tersebut dapat diletakkan dimana saja, tapi umumnya aplikasi Greenfoot diletakkan di folder Applications dan ‘scenario’ di dalam folder Documents.
Instalasi pada Sistem Operasi Lainnya
Berkas instalasi untuk sistem yang lain adalah tipe jar. Aplikasi tersebut dapat dijalankan dengan cara membuka ‘command line’ dan menulis
java -jar greenfoot-installer-XX.jar
(XX adalah angka versi aplikasi instalasi yang diunduh). Pada beberapa sistem, mengklik dua kali pada berkas tipe jar tersebut juga dapat menjalankan aplikasi instalasi. (Dengan catatan, perintah ini dapat dijalankan jika sudah menginstal Java terlebih dahulu)